西红柿芽枯病又叫顶腐病，是一种生理性病害。由于西红柿多在夏秋季节，此时的高温很容易灼伤西红柿的幼嫩生长点，从而使幼茎受伤。另外，土壤水分过大、氮素吸收过多导致钙与硼吸收受抑制等也易引起芽枯病。其具体发病症状表现在西红柿的头不再向上生长，而是出现多个头向上长的情况。被害部长出皮层包被，在发生芽枯处形成一缝隙。缝隙为线形或“Y”字形，有时边缘不整齐，因没有虫粪，可排除害虫为害。
防治西红柿芽枯病的方法：
     1、注意中午放风，不使棚室内温度超过35℃；或及时采用遮阳网覆盖，以降低光照强度，避免造成高温危害；也可以在高温的中午，在叶面喷洒清水，以降低周围温度。
     2、在番茄生长期实行配方施肥技术，并适当增加硼、锌等微肥的施用，适时中耕除草，合理浇水，同时在开花结果期及时喷施菜果壮蒂灵增强花粉受精质量，提高循环坐果率，促进果实发育，防裂果、畸形果发生，使西红柿品质提高，连连丰产。
     3、在适当的位置留一穗生长较好的花序，用它代替失去的果穗，以减少产量损失，必要时用浓度为0.1%至0.2%的硼砂溶液加新高脂膜800倍液对植株进行叶面喷洒，每隔7至10天一次，连喷2至3次，提高植株抗病能力。
      4、适当蹲苗。蹲苗可提高西红柿的抗逆性，发现植株萎蔫时适当补水。